Pemerintah daerah (Pemda) memiliki peran yang sangat penting pada perlindungan anak sebagaimana disebutkan dalam UU Perlindungan Anak. UU No 23/2014 tentang Pemerintah Daerah dan PP No 18/ 2016 tentang Perangkat Daerah menguatkan bahwa urusan perlindungan anak menjadi urusan wajib daerah. Saat ini sudah mulai bermunculan dinas teknis untuk perlindungan anak, tapi sebagian besar masih mencari bentuk dari sebelumnya yang berupa badan.
Kebijakan perlindungan anak di pusat belum semuanya dapat diserap dengan baik oleh Pemda. Padahal, Pemda adalah ujung tombak perlindungan anak di daerah dan short cut penanganan pertama kasus perlindungan anak ada di desa dan kecamatan. Belum lagi minimnya kesadaran Pemda untuk mendirikan lembaga pengawas dalam hal ini Komisi Perlindungan Anak Daerah (KPAD), membuat situasi perlindungan anak masih belum lengkap.
Anggaran dan program perlindungan anak di daerah saat ini masih jauh dari kata memadai. Dari pengawasan kebijakan anggaran di 9 provinsi pada 2015, KPAI menemukan bahwa anggaran non-pemenuhan kebutuhan dasar untuk perlindungan anak hanya 1-2% dari keseluruhan APBD. Jumlah anggaran yang terbatas tersebut digunakan untuk pemenuhan non-kebutuhan dasar, seperti program pencegahan, penanganan, serta pengawasan tentu masih sangat kurang.